体外消化系统可应用到营养学、毒理学、生理学及微生物学等各领域以及食品、药品、保健品等各个行业。国内外对利用体外消化模型进行相关研究的认可度也越来越高。体外消化系统已被广泛应用于食品消化过程中物理化学变化，营养物质的生物利用率，肠道运输和代谢，脂质体等功能活性物质释放与代谢，益生菌和益生元代谢分析，药物缓释释放研究，重金属污染物、真菌毒素等有毒物质的代谢研究，动物营养及代谢特性分析等多个领域。

　　人体胃肠道消化功能、能量代谢、疾病发生、免疫调节、营养物质消化吸收等均与肠道菌群息息相关。肠道菌群与机体间的相关作用及和对胃肠道消化吸收的影响，及对营养物质在人体胃肠道的代谢影响是目前的研究热点，应用体外消化系统进行研究是一种有效的技术方法。通过人体粪便提取物可以构建人工肠道菌群。完整的体外消化系统应该包含稳定的、有生物活性的肠道菌群。体外仿真器官，人工消化液，人工肠道菌群等共同组成了完整的体外消化系统。体外消化系统在研究肠道微生态系统变化情况，营养物质或功能性组分在人体中的代谢变化等，是未来的热点研究方向。